宪宗表示赞许，并予以采纳。奏折中所说的“纳谏”，是请求召回成化元年（1465）以后因进言而被贬斥的朝廷官员，敢于直谏的罗伦、孔公恂等人也因此得以恢复官职。</p>

成化四年（1468），彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，每本奏折都涉及商辂大人。御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，皇帝不听，商辂因此请求辞职。皇帝愤怒，命令宗人府事周景查问那些进言之人，并给予罪名，让其监狱服刑。商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言之人，现在议论到臣反而责备他们，对公众渔轮又怎么解释？”皇帝一听，非常高兴，董旻、胡深、林诚等人被明宪宗各赐予象征性的轻微手杖之后，皆恢复官职。不久商辂进升为兵部尚书。之后又进入户部。《宋元通鉴纲目》编成后，改兼任文渊阁大学士。</p>

成化七年（1471），皇子朱佑极被立为皇太子，商辂获加官太子少保兼吏部尚书。</p>

仁寿太后周氏名下的田户与百姓争夺田地，皇帝想把百姓迁徙到塞外毛地让人统一管理。商辂说:“太后和天子都是以天下为家，又哪里用得着庄园、田地？就让百姓拥些既得利益，可使其安居乐业，丰衣足食，大家也会感激皇上、太后的恩赐，又何乐而不为呢？”宪宗觉得在理，便派人解决此事，于是田地之争，得到平息。</p>

乾清宫大门发生火灾，工部请求到四川、湖广采集木材。商辂进言说，现在内外形势十分严峻，应该稍微延缓一下，皇帝听从他的意见。</p>

成化八年（1472），太子朱佑极去世，宪宗因继承人一事而忧虑难断。纪淑妃生有皇子（明孝宗朱佑樘），现今已经六岁，左右侍从畏惧万皇贵妃的厉色，没人进言半句。宪宗有子非常高兴，想向朝廷的人宣告，派遣中官到内阁告诉自己的意图。商辂请求诏礼部拟定上报皇子的名号，于是朝廷大臣相互祝贺，宪宗随即命令皇子出宫会见朝廷大臣。过了几日，宪宗又御临文华殿，皇子侍奉，召见商辂及众内阁大臣。商辂叩首说：“陛下在位十年，未立太子，天下盼望已久。应当立即立皇子为太子，安定朝廷内外人心。”宪宗点头同意。同年十一月，皇子朱佑樘被立为皇太子。</p>

当初，宪宗召见皇子留在宫中，而纪淑妃仍然居住在西内。商辂怕有其他祸患，又不好明说，与同僚上书说：“皇子须委任皇贵妃万氏保护，她对太子的宠爱超过对自己原先的儿子。但大臣彭时说：“皇子的母亲因病另外居住，长时间隔离很不道德。应当迁移到临近地方，使母子能够朝夕相处，而皇子任由皇贵妃万氏抚育，恐怕太子会重蹈……”见宪宗瞪眼，彭时立即住口。</p>

宪宗不好说什么，于是纪淑妃迁居永寿宫。过了一个月，就听说纪淑妃病入膏肓、奄奄一息，商辂说：“纪淑妃如有不幸，葬礼应该优厚隆重。”并请求司礼监等人与皇贵妃万氏一同侍奉皇太子。纪淑妃暴逝后，太后周氏对万氏有所警觉，连忙将太子接入仁寿宫，她要亲自保护自己的孙子。之后万氏的目的日益明显，尤其是纪淑妃的暴逝和门监张敏的**，商辂对自己先前的言行后悔不迭，幸好太后和彭时等人英明果断，否则自己就是皇贵妃万氏的帮凶、同伙。</p>

宪宗想恢复郕王的王位和封号，下发朝廷商议讨论。商辂夸郕王、于谦对社稷有功，郕王的王位和封号应该恢复，同年宪宗听了商辂的意见，给死去的于谦也一同平凡。</p>

宪宗在宫殿的北面修建玉皇阁，命令宦官经办，用于礼仪与郊祭，商辂与宪宗争辩，要求取消修建的花销。由水气而生的灾害出现，商辂又上奏消除灾祸的八件事，为番僧国师法王，不要滥赐印章；四方日常的贡奉之外，不要接受玩赏的物品；允许众臣直言进谏；分别派遣刑部使者审查囚犯案卷，减少冤假错案；停止不急需的修建项目；充实三边军队的储备；守卫沿边的关隘；设置云南巡抚。宪宗下发赞扬嘉奖的诏书奖励他，并且采纳了他的意见。</p>

可令商辂万万没有想到的是，宪宗竟然会听取皇贵妃万氏的意见，相认福建邵武的芹田朱家，并让锦衣卫都指挥使万喜，接应朱钦儿子朱武进京……</p>

而当彭时让他一起奏疏万氏的罪行，欲向万氏集团动手之时，商辂又及时制止了彭时的鲁莽行为，在他看来皇上不会朝万氏开刀，万氏从小将他带大，这种亦母、亦姐、亦妻的关系和非凡感情，是谁也没有办法代替，即使周太后也自叹不如，况且，以万氏为首的集团势力不但影响京都，还延至大明的不少州、府，眼下动不了她的根基，反而引起他的嗅觉，采取疯狂的反扑行动。然，昏迷又苏醒过来的太后周氏也有商辂的类似想法，而让商辂感到欣慰的是皇上并没有完全被万氏掌控，他又似乎是故意糊涂好与万氏周旋、对付……</p>